在百子成功挺过地表入侵、山地基因危机、阿里智力危机、树冠辐射危机五年后，天空侠和小奥赫达带领的地表人重返地面。重建家园时，意外发现二战前美国国防建立的潜艇智能基地因备用电源终止而浮出水面。经过勘查，发现基地内没有幸存者。修复了供电设备后，天空侠进入了潜艇基地的控制系统。原来这是冷战时期开始开发的太空战基地。之所以建在海底，是为了安全和保密。潜艇基地可以接入仍在运行的军用卫星。意外发现美国已经秘密与宇宙中的神族文明取得了联系。神族文明的外交舰队在一百年前出发，现在已经进入星系边缘。神族文明发现地球文明已经不存在了。同时，ari在空间站的备份系统误判了神族文明的目的，希望他们能帮助人类重建家园。然而，神族文明已经开始了殖民地球的计划。外交舰队的任务是摧毁地球残存的文明，建立新秩序。这一季的重头戏将会是天空和地表的人们如何利用地球倒退的文明来打败宇宙神族。基本的剧情设定是神族文明也是碳基生物，有着和人类相似的外貌，武器也是基于量子力学研发的，但比人类科技更先进。当年神族文明和地球文明互相发现后，认为地球文明的科技是爆炸性的，到达地球后可能无法保持科技领先。但因为对未知世界的好奇，他们派出了两艘星舰和一支1w神族战机的外交舰队。