千载难逢的《彗星之夜》愿望成真……立志成为梦优秀培训员的小智、梅、带着皮卡丘踏上了新的征程。为了观看千年彗星的出现，我来到了法恩斯游乐园，遇到了魔术师巴特勒和黛安。在魔术表演期间，萧声听到了一个微妙的呼唤。那就是神奇宝贝基拉祈，它在睡茧中沉睡了数千年，可以帮助人们实现愿望。在千年彗星出现的夜晚，如果你遇到一个赤子之心的伴侣，你就会醒来。为了唤醒基拉祈，巴特勒要求萧声成为基拉祈的伴侣。果然，基拉祈从万花筒般的光芒中醒来。虽然基拉祈只能呆7天然后消失，但第一次，拥有自己神奇宝贝的萧声非常爱基拉祈。巴特勒是一个雄心勃勃的魔术师。他抢劫了基拉祈，因为他知道基拉祈有魔力，想利用他来实现这一目标。