阿里和贝贝是优秀的科考潜艇。他们是非常好的一对搭档。在《潜艇总动员》，他们一起完成了很多训练和任务。这一次，两个小家伙将面临怎样神秘而有趣的挑战？苏红博士是著名的海洋研究者和水下考古学家，他拥有四枚隐藏在深海中的古代加勒比海盗勋章的仿制品。四枚奖牌分别代表智慧、勇气、友谊和正义。这一天，苏红博士把阿里和贝贝叫到一起，告诉他们，如果他们能完成一项任务，他们将获得一枚奖章。如果能集齐四枚奖牌，小家伙们将被邀请到泉州参加海洋博物馆的开馆仪式，并获得博士的神秘奖励，这让小潜艇们兴奋不已。阿里和贝贝与他们的小伙伴蛙蛙、宠物猴陶涛、海上独脚滑行舟石头一起，团结协作，不畏艰难，圆满完成了在地中海搜寻埃及女王王冠、在北冰洋搜寻佩斯残骸、在古阿拉伯海搜寻石板、整合保护沉没文物等任务。他们先后获得了医生颁发的四枚奖章，回到泉州。经过惊心动魄的搜寻，他们找到了郑和沉船的锚，并将这一珍贵文物作为礼物赠送给了即将建成的泉州海洋博物馆。潜艇完成了苏红博士交给他们的所有任务，苏红博士实现了她的诺言。她安排泉州海洋博物馆开馆仪式燃放潜艇像的烟花作为惊喜奖励。通过海洋探险的经历，小潜艇们不仅变得更加成熟、勇敢、团结协作，还学到了悠久的海洋文明、海洋文物保护等很多有用的知识，成为真正的海底英雄！