故事以东京八丈岛海岸为背景，太平洋浮标是连接世界各地警方监控摄像头的海洋设施的所在地。在该设施正式启动之前，来自世界各地的IT  工程师都在现场与欧洲刑警组织的司法管辖区建立联系。与此同时，一项使用人脸识别系统的“新技术”实验也在进行中……与此同时，园子邀请柯南和侦探团去八丈岛看鲸鱼。这时，柯南接到郑国庆（赤井秀一饰）的电话，得知欧洲刑警组织的一名成员在德国被仁杀害。为了查明真相，柯南潜入了前去守卫“太平洋浮标”的黑田等警员的警备艇，进入了设施。此后，在系统启动准备工作稳步推进的设施中发生了—— 起病例。一名女工程师被黑组织绑架，她手上的U盘也被交给了黑组织。的。我听到海里有螺旋桨的奇怪声音。就在这时，八丈岛上有一道黑影悄悄靠近了飞原爱的身旁。