在科技发达的未来，网络上流传着一种叫做“全息幽灵”的奇怪现象。初中生天之哲舟启动了父亲留下的神秘装置，名为“数码暴龙机”，开始看到大家看不到的未知生物“数码宝宝”。父亲把一个调皮的数码宝贝“伽马兽”托付给了周。从那天起，周就被卷入了各种各样的怪事…