2044年的纽约，反派兰格勾结外星恶势力毁灭地球，大量外星人通过神秘的传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟被敌人的攻势打败，伤亡惨重。怀着忍者最强武器的希望，忍者神龟们决定回到过去的时空，找到打开传送门的钥匙，阻止兰格，恢复世界和平。列奥纳多的弟子凯西肩负了这一使命。在过去的时空里，他成功连接了女记者艾普丽尔奥尼尔，并与莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多那太罗联手拯救世界。“我们的未来，我们是自己的主人。”忍者神龟向兰格发起了终极挑战。