卡林奇(迈克尔法斯宾德饰)在行刑前醒来，发现自己被索菲娅(玛丽昂歌迪亚饰)选中，参与一项可以将人类从暴力冲动中解放出来的计划。虚拟现实机器Animus允许用户体验他们祖先的记忆。被绑在机器上后，卡勒姆林奇意识到自己是生活在西班牙宗教裁判所的刺客阿格拉的后代。他们在寻找可以控制自由意志的伊甸园苹果。在索菲亚父亲艾伦(杰瑞米艾恩斯饰)的压力下，他不情愿地操纵卡勒姆林奇回到过去寻找现代世界中伊甸苹果的下落，威胁到了他的身心健康。然而，在同为杀手的穆萨(迈克尔威廉斯饰)向卡勒姆林奇暗示艾伦可能动机不纯后，卡勒姆林奇开始重新考虑他的行为和动机，人类自由意志的命运变得扑朔迷离。