二十世纪的最后一个夏天。在那一天，人类终于意识到他不是地球的唯一统治者。终极生物“怪兽”、驱逐怪兽哥斯拉出现了。经过半个世纪与怪物的战争，人类输掉了很多场战争，最后打算逃离地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，部分人类乘坐跨恒星迁移飞船“阿拉特拉”号，踏上了前往11.9光年外“E，鲸目”的旅程。然而，人类用了20年时间才达到星球与地球的环境差距，远远超出预期，不适合人类生存。移民船上有个年轻人，—— Harumio。4岁时，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀死。20年来，他一直想回到地球，消灭哥斯拉。移民的可能性化为乌有，飞船内部的生活环境越来越差。以阳光男为中心的“返回地球派”成为主流，他们在亚空间进行了危险的长途航行后决定返回地球。然而经过两万年的进化，地球已经形成了以哥斯拉为顶端的生态系统，成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗？Haruho会怎么样？