一团巨大的高能离子云正在遥远而神秘的太空中急速漂移。这种能量云所向披靡，足以摧毁宇宙中的任何物质结构。在它的轨迹上，已经有几艘属于银河系三大势力的星际飞船被干掉了.地球-银河星球联邦的重镇，星际舰队总部所在地。在北美旧金山的星际舰队总部，柯克将军像往常一样无聊，但突然他接到了一个完美的命令，为一项紧急任务视察企业号。地球原有的防御系统已经发现了那团高能离子云，并探测到它正向地球飞来。柯克将军的任务是带领企业号在到达地球之前找到答案。阔别近十年，当柯克再次登上企业号时，内心的激动和兴奋是难以形容的。然而，当他和现任舰长迪卡一起检阅人员和装备时，产生了许多奇怪的感觉。因为多年来的不断改进，企业号的功能和动力都增强了不少，但这也让前任舰长柯克将军有些困惑。不过还好之后马上有个大惊喜，冲淡了这种陌生感。神通广大的柯克居然在短时间内找到了几乎所有的老战友！唯一的例外是斯波克先生，他因为在火神从事高级修炼，没有办法前来，这也是这次任务唯一的遗憾。由于柯克是星际舰队的高级军官，戴克舰长在出发后不情愿地暂时移交了指挥权。一开始，两个队长之间有一些偏见和摩擦，但渐渐地，他们因为相互了解而变得相互欣赏。柯克发现迪卡确实是一个优秀的、称职的船长，迪卡开始真正把柯克当父亲一样尊敬。原来，迪克阿德的父亲曾是柯克的工作人员，但不幸在大决战事件中壮烈牺牲。企业号上的新面孔，除了戴克舰长之外，还有一位美丽的女航海家伊瑞亚。虽然来自德罗坦，但除了头发，她是地球人眼中标准的美女。就连迪卡上尉也和她有过一段罗曼史。在通往能源云的路上，Enterprise突然出现了严重的故障，不得不放慢速度。没想到，石博可竟然在这个时候出现，让所有的老同志都激动不已。原来，石博可还是没有通过最后的考验，他身体深处的人性无法根除。当史伯克充分认识到现实后，他决定回到星际舰队继续服役。但在精通心理学、洞察人性的麦考伊眼里，他已经看出了柯克和史伯克的复杂感情。他觉得他们最关心的似乎不是这个任务，而是回到企业的成就感。由于斯波克的高超能力，他迅速帮助斯科特等人排除了所有故障，使企业号及时遇到了能量云。却发现在她穿入云端的时候，Iriya突然被一股不知名的力量带走，然后送回来一个和她一模一样的克隆体。根据伊利亚的副本，她是被那片云派来作为双方沟通的媒介。原来这云是一个智慧的个体！它通过虚假的伊利亚宣布自己的名字为“V 'ger ”,即将驶向地球寻找它的创造者，也试图与创造者结合。然后假伊利亚无视大家的疑惑，转而开始询问企业的问题。因为过去和以利亚的关系，迪卡自然要负责和假以利亚沟通。他还时不时地利用这种特殊关系，试图从她那里套出更多的信息。在这片能量云即将到达地球还剩几个小时的时候，斯波克擅自偷了一艘小型登陆艇，独自驶入了这片能量云，并试图通过瓦肯人的心灵感应与之交流。结果斯波克发现蝰蛇其实是一台活生生的机器，它的故乡在银河系的另一端，完全由机器人统治。